本項からはサーバをインターネットへ公開することを目的に説明を進めていきます。

本来であれば負荷分散や対障害性・セキュリティやの観点から、それぞれのサービスを独立したコンピュータでサービス提供することが理想的ですが、コストがかかりすぎます。商用用途でない限りそこまで本格的に構築する必要はありません。
最低限OS＋サーバ領域とデータ領域を別のHDに記録するようにし、HD飛びに備えRAIDでミラーリングするとよいでしょう。それに併せ、重要なデータは他のメディアへ必ずバックアップすることを心がけましょう。

クローゼットで眠っているもの、何故か手に入れた（手に入った）中古PC、現在使用中のPC、サーバ用に新調したPCなど、何でもいいんです。
目的のOSとプログラムが不満なく動き、不満ない速度でサービス提供できればいいんです。ただし、セキュリティホールを出さないように、サーバ用PCはその用途だけに使用するようにしてください。

J-PHOMEではWindows 2000 Professionalで構築することを主眼におきますので、Pentium互換、動作クロック133MHz以上のCPU、64MB以上のRAMを搭載したPC/AT互換機を想定します。

UNIX系でしかできないことをやる！ということでしたら結構なことですが、プログラムさえあればWindowsでもそれなりにできますよ。